A origem do MCN está nos projetos de extensão da área de Biodiversidade e de Geodiversidade. Depois de receber o investimento necessário para se transformar em museu em 2019, o local passou a ser um espaço de integração entre pesquisa, ensino e extensão no que se refere às Ciências da Natureza. Suas ações favorecem a democratização do conhecimento e o acesso a acervos raros, aproximando a comunidade da universidade. As ações de escolas precisam ser agendadas previamente e parte do acervo já está digitalizado.