Iniciou as atividades de coleta no final de 1978, tendo sido designado como Herbário Fernando Cardoso da Silva – HFC em 1994. Desde 2002, ocupa uma área total de 150m², onde são guardados equipamentos e amostras, contendo 10.563 exsicatas. No acervo, predominam angiospermas de formações florestais do leste do Paraná, e também representação de muitos estados, além de formações vegetais de todo o Brasil, fruto principalmente de coletas de pesquisadores da instituição. Há ainda amostras de Eucalyptus coletadas na Austrália na década de 80. No intercâmbio de materiais, há preferência em receber amostras de espécies de formações florestais das regiões Sul, Sudeste e Centro-oeste. Vinculado ao HFC, existe um arboreto no campus da Embrapa Florestas para o conhecimento de plantas vivas e educação ambiental. Participa do NAPI Taxonline,